Perang Jagaraga Bali
Perang ini terjadi akibat protes Belanda terhadap Hak Tawan Karang. Hak Tawan Karang merupakan aturan yang memberikan hak kepada kerajaan-kerajaan Bali untuk merampas kapal asing beserta muatannya yang terdampar di Bali.Protes ini tidak membuat Bali menghapuskan Hak Tawan Karang, sehingga Belanda melakukan serangan dan terjadilah perang puputan (habis-habisan) antara kerajaan-kerajaan Bali yang dipimpin I Gusti Ketut Jelantik dengan Belanda. Belanda akhirnya berhasil memenangkan peperangan tersebut dan menguasai Bali karena kekuatan militernya yang lebih unggul.
Perang Banjar
Perang Banjar dilatarbelakangi oleh Belanda yang ingin menguasai kekayaan alam Banjar, serta sikap ikut campur pihak Belanda dalam urusan kesultanan. Akibatnya, rakyat yang dipimpin Pangeran Hidayatullah dan Pangeran Antasari melakukan perlawanan terhadap Belanda sekitar 1859.Serangkaian pertempuran terus terjadi hingga Belanda menambahkan kekuatan militernya. Pasukan Pangeran Hidayatullah kalah, karena pasukan Belanda lebih unggul dari segi jumlah pasukan, keterampilan perang pasukannya, dan peralatan perangnya.
Perlawanan rakyat Banjar akhirnya mulai melemah ketika Pangeran Hidayatullah tertangkap dan dibuang ke Pulau Jawa, sementara itu Pangeran Antasari masih melakukan perlawanan secara gerilya hingga ia wafat.
Perang Aceh
Perang Aceh dilatarbelakangi Traktat Sumatra (1871) yang menyebutkan Belanda bebas meluaskan wilayah di Sumatra termasuk Aceh. Hal ini ditentang Teuku Cik Ditiro, Cut Mutia, Teuku Umar, Cut Nyak Dien, dan Panglima Polim.Belanda akhirnya mendapatkan perlawanan sengit dari rakyat Aceh. Rakyat Aceh berperang dengan jihad, sehingga semangatnya untuk melawan Belanda sangat kuat.
Untuk menghadapinya, Belanda mengutus Snouck Hurgronje untuk meneliti budaya dan karakter rakyat Aceh. Ia menyarankan agar pemerintah Belanda menggempur pertahanan Aceh bertubi-tubi.
Hal ini dilakukan agar mental rakyat semakin terkikis, memecah belah rakyat Aceh menjadi beberapa kelompok, dan melemahkan perlawanan rakyat Aceh. Taktik dari Snouck Hurgronje berhasil mengurangi perlawanan rakyat Aceh.
Hal ini membuat Belanda dapat menguasai Aceh secara perlahan pada awal tahun 1900-an. Pada 1903, Perang Aceh berakhir dan sejumlah tokohnya ditangkap.
