Perang Pattimura
Pada 1817, Belanda berusaha menguasai Maluku dengan monopoli perdagangan. Rakyat Maluku yang dipimpin Thomas Matulessy (Pattimura) menolaknya dan melakukan perlawanan terhadap Belanda.Pertempuran sengit terjadi di Benteng Duurstede, Saparua. Belanda mengerahkan pasukan secara besar-besaran, sehingga rakyat Maluku terdesak. Perlawanan rakyat Maluku melemah akibat tertangkapnya Pattimura dan Martha Christina Tiahahu.
Perang Diponegoro
Perang Diponegoro adalah perang terbesar yang dialami Belanda. Perlawanan ini dipimpin Pangeran Diponegoro yang didukung pihak istana, kaum ulama, dan rakyat Yogyakarta. Perang ini terjadi karena Belanda memasang patok-patok jalan yang melalui makam leluhur Pangeran Diponegoro.Perang Diponegoro terjadi pada 1825–1830. Belanda mengangkat Jenderal De Kock sebagai perang panglima Belanda di Jawa.
Belanda sangat kesulitan menghadapi pasukan Pangeran Diponegoro, hingga menambah pasukan dari negeri Belanda. Namun, pasukan tambahan tersebut juga dapat dihancurkan
Akhirnya pada 1827, Belanda memutuskan untuk memakai siasat perang bernama Benteng Stelsel, yaitu mendirikan benteng di setiap daerah yang dikuasai untuk mengawasi daerah sekitarnya. Satu benteng dan benteng lainnya dihubungkan pasukan gerak cepat, sehingga ruang gerak pasukan Diponegoro dipersempit.
Siasat Benteng Stelsel belum mampu mematahkan serangan pasukan Diponegoro. Belanda akhirnya menggunakan tipu muslihat dengan cara mengajak berunding Pangeran Diponegoro, padahal sebenarnya itu berupa penangkapan.
Setelah penangkapan, perlawanan pasukan Diponegoro mulai melemah. Pada akhirnya, Belanda dapat memenangkan perang tersebut, namun dengan kerugian yang besar karena perang tersebut menguras biaya dan tenaga yang banyak.
