Pendirian UIII berdasarkan tiga pilar, yakni nilai keislaman, wawasan, dan proyeksi global, serta karakter kebangsaan Indonesia. Jadi, tugas dan fungsi UIII tidak hanya sebagai penyelenggara proses belajar mengajar, riset, dan pengabdian ke masyarakat semata, tetapi juga merupakan bagian dari upaya bangsa Indonesia dalam membangun peradaban Islam di Indonesia sekaligus menkontribusikan bagi peradaban global melalui jalur pendidikan.
Ada tiga pilar utama yang disiapkan pemerintah dalam membangun Pusat Peradaban Islam Indonesia (PPII), yaitu: Universitas Islam Internasional Indonesia (UIII), Pusat Budaya Islam Indonesia (PBII), dan Pusat Pengkajian Islam Strategis (PPIS).
UIII didesain dengan memberikan perhatian khusus pada kajian dan pengembangan peradaban Islam Indonesia. Keberadaan UIII sangat strategis, karena sebagai khazanah atau etalase Islam di Indonesia.
Melalui UIII, mahasiswa luar negeri diharapkan dapat mengenal dan mempelajari Islam Indonesia yang relevan dan memiliki urgensi tinggi. Sebagai lembaga pendidikan, UIII diharapkan menjadi lembaga yang strategis mengenalkan Islam rahmatan lill ‘alamiin, yang selama ini dianggap kurang tersampaikan ke dunia internasional.
Dalam pelaksanaannya, UIII hanya menyelenggarakan program Post-graduate Magister (S2) dan Doktoral (S3), sehingga diharapkan tidak akan terjadi overlapping dengan universitas-universitas Islam yang berada di bawah naungan Kementerian Agama. Sejumlah fakultas yang akan dibuka ialah Studi Islam, Humaniora, Ilmu-ilmu Sosial, Sains dan Teknologi, Ekonomi dan Keuangan, Pendidikan, serta Applied dan Fine Arts.
Pada tahun pertama dibuka tiga fakultas, yaitu: school of Islamic studies, education, dan political science. Program ke depan, perguruan tinggi ini akan terdiri dari tujuh, yakni Kajian Islam, Ilmu Sosial Humaniora, Ekonomi Islam, Sains dan Teknologi, Pendidikan, Arsitektur, dan Seni.
Pembangunan gedung
Pembangunan UIII setidaknya menggunakan tujuh prinsip, yaitu mempertahankan keindahan yang abadi, epystemic community, pedestrian environment, bicycle environment, futuristic, iconic, menjadi pusat peradaban, dan menyatu dengan alam. Pembangunan kampus UIII dibagi menjadi tiga zona.Zona pertama terdiri atas gedung rektorat, masjid, perpustakaan, gedung fakultas, infrastruktur kawasan, lanskap dan ruang terbuka hijau, serta Echo Sanctuary Park. Zona kedua terdiri atas kawasan mahasiswa, meliputi pusat kegiatan kemahasiswaan, toko buku, university mall, sarana olahraga, kemudian juga kampus residen untuk guru besar dan dosen, staf, keluarga mahasiswa, dan apartemen mahasiswa, serta bangunan MEP yakni rehabilitasi bangunan lama.
Adapun zona ketiga terdiri atas kawasan fakultas dan pusat kajian (pusat kajian, scholar center, pusat pelatihan), serta kawasan peradaban (museum, pertunjukan seni dan budaya Islam, dan gedung serba guna/convention center). Pembangunan UIII dilaksanakan dalam tiga tahap.
