Setelah itu, Baggio diboyong Juventus dengan memecahkan rekor nilai transfer dunia sebesar 8 juta poundsterling. Namun, kepindahannya sangat dibenci fans La Viola hingga akhirnya kerusuhan pecah dan melukai sekitar 50 orang di jalanan Florence.
Gesekan dengan pendukung Fiorentina tidak terlalu mempengaruhi performa Baggio di Juventus. Buktinya, dia mampu menyumbang 14 gol dan 12 assist pada musim pertamanya di Serie A. Tapi ketika bentrok dengan Fiorentina, Baggio menolak menjadi algojo penalti dan mengambil syal pendukung La Viola di lapangan saat menuju bangku cadangan. Situasi itu lantas menyulut gesekan baru dengan pendukung Juventus.
Namun, hubungan kurang harmonis Baggio dengan fans Juve tidak berlangsung lama atau hanya berlangsung sekitar semusim. Sebab ketika Bianconeri dilatih Giovanni Trappatoni pada musim keduanya, kontribusi Baggio untuk Bianconeri mulai terasa.
Keleluasaan ruang gerak yang diberikan Trappatoni membuat Baggio membantu Juve finis kedua di Serie A dan menjuarai Coppa Italia sambil menjadi penentu kemenangan pada fase final melawan Parma. Setelah itu, Baggio mulai diterima pendukung Juve dan bahkan dipercaya menjadi kapten tim pada musim 1992--1993.
Sepanjang kalender 1993, Baggio mencatatkan 39 gol di semua kompetisi yang 23 gol di antaranya lewat Serie A, 8 gol di kompetisi Eropa dan 5 gol untuk membantu Italia lolos Kualifikasi Piala Dunia 1994.
Pencapaian inilah yang membuat Baggio mendapat berbagai penghargaan bergengsi, termasuk menyabet trofi Ballon d'Or, menjadi pemain terbaik Eropa, serta pemain terbaik dunia versi FIFA.