Ketika Bin Laden akhirnya menyetujui rencana 9/11, Mohammad ditugaskan. Dia ditangkap di Rawalpindi, Pakistan pada Maret 2003 dan dibawa oleh CIA ke situs-situs gelap di Afghanistan dan kemudian Polandia untuk diinterogasi. Dia menjadi sasaran praktik interogasi waterboarding 183 kali selama empat minggu, serta metode interogasi keras lainnya.
Pada September 2006 ia dikirim ke Guantanamo. Setahun kemudian, pria berusia 56 tahun itu mengatakan, pada sidang tertutup bahwa dia bertanggung jawab tidak hanya atas serangan 9/11 tetapi juga pengeboman yang melibatkan Al-Qaeda di Bali dan Kenya. Termasuk juga upaya ‘bom sepatu’ tahun 2001 yang gagal untuk menjatuhkan AS dan pembunuhan jurnalis AS Daniel Pearl.
2. Ramzi bin al-Shibh
Al Shibh dilatih di kamp Al-Qaeda di Afghanistan dengan beberapa pembajak 9/11 pada 1999, dan menjadi bagian dari ‘Sel Hamburg’ yang termasuk pemimpin pembajak Mohammad Atta dan dua lainnya. Namun pria Yaman berusia 49 tahun itu, gagal mendapatkan visa AS untuk ambil bagian dalam serangan 9/11. Dia malah membantu berkoordinasi antara sel dan Al-Qaeda.Al Shibh ditangkap di Karachi, Pakistan pada 11 September 2002. Selama empat tahun berikutnya dia berulang kali dipindahkan antara situs hitam CIA, menjalani interogasi berulang yang melibatkan penyiksaan. Dipindahkan ke Guantanamo pada September 2006, pengacaranya mengatakan dia terus menderita akibat penyiksaan, dan Pemerintah AS sendiri mencap dia psikotik.
